UNIVERZITET U TUZLI
PRIRODNO-MATEMATIČKI FAKULTET
Tuzla, 26.01.2023. godina
Na osnovu člana 18. Pravilnika o završnom magistarskom radu na II ciklusu studija Univerziteta u Tuzli, Sekretarijat Univerziteta
O B J A V L J U J E
Emir Zonić, bachelor primijenjene biologije javno će braniti završni magistarski rad, pod naslovom: “Determinacija kliničke validnosti potencijalno novih dijagnostičkih gena u genetičko-laboratorijskoj praksi upotrebom standardiziranog okvira za evaluaciju“ u petak 10.02.2023. godine u Sali broj: 211 Prirodno-matematičkog fakulteta Univerziteta u Tuzli, sa početkom u 11 sati
pred Komisijom u sastavu:
- dr sc. Vesna Hadžiavdić, vanredni profesor, predsjednik Komisije
Uža naučna oblast: Genetika, biologija ćelije i mikrobiologija
Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Tuzli - dr sc. Amela Hercegovac, vanredni profesor, mentor i član
Uža naučna oblast: Genetika, biologija ćelije i mikrobiologija
Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Tuzli - dr sc. Aldijana Avdić, docent, član
Uža naučna oblast: Genetika, biologija ćelije i mikrobiologija
Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Tuzli
Za zamjenika jednog člana Komisije iz člana 1. ove Odluke imenuje se dr.sci. Adisa Ahmić, vanredni profesor, uža naučna oblast „Genetika, biologija ćelije i mikrobiologija“ Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Tuzli.
Pristup javnosti je slobodan.
Magistarski rad se može pogledati u Sekretarijatu Prirodno-matematičkog fakulteta Univerziteta u Tuzli, radnim danom od 8,00 do 16,00 sati.
REZIME RADA
ClinGen standardizirani okvir za klasifikaciju gena primjenjuje se u svrhu utvrđivanja kliničke validnosti gena, preciznije u svrhu određivanja istinske povezanosti ispitivanog gena sa oboljenjem. Jedan od najvećih izazova u genetičko-dijagnostičkom okruženju jeste identifikacija potencijalno relevantnih varijanti u genima koji još nemaju jasnu javno dostupnu standardiziranu evaluaciju o nivou povezanosti sa oboljenjem. Istraživanje je obuhvatilo 10 gena (CHD6, FAT1, FBX022, GYG2, HID1, KCTD3, KLF7, NRAP, RAB11A i TAF4) za koje trenutno nema dostupnih podataka o kliničkoj validnosti i asocijaciji sa oboljenjem u relevantnim bazama podataka (OMIM, Orphanet i ClinGen), a čije su varijante detektovane u individua sa različitim fenotipskim spektrom. Uz korištenu dostupnu naučnu literaturu koristio se i pristup genetičkom biorepozitoriju koji sadrži genotip-fenotip informacije za preko 55,000 prethodno testiranih individua. Prema ClinGen okviru, mogući ostvarivi nivoi asocijacije, ovisno o broju skupljenih genetičkih i eksperimentalnih dokaza, uključuju naredne stepene: definitivna povezanost sa oboljenjem, jaka povezanost, srednja povezanost, ograničena povezanost, bez dokaza o povezanosti i kontradiktorni dokazi povezanosti koji uključuju opovrgnute ili osporene gen-oboljenje povezanosti. U dijagnostičkom okruženju svi nivoi povezanosti osim srednje, jake i definitivne smatraju se kao nerelevantni za uspostavljanje genetičke dijagnoze. Od ukupno 10 evaluiranih gena, 10% je doseglo definitivni nivo gen-oboljenje asocijacije (NRAP), 40% je doseglo jaki nivo asocijacije (FAT1, FBXO22, KCTD3 i TAF4), 20% srednji nivo asocijacije (HID1 i RAB11A) i 30% (CHD6, GYG2 i KLF7) ograničeni nivo gen-oboljenje asocijacije. Zahvaljujući podacima dostupnim u biorepozitoriju, ostvarena je značajna razlika u finalnom dostignutom nivou kliničke validnosti kod pet gena (FAT1, FBXO22, HID1, KCTD3 i RAB11A), u poređenju kada su u obzir bili uzeti samo podaci iz dostupne literature. Ukupan broj bodova bio je veći kod 80% evaluiranih gena kada su podacima iz literature pridruženi dokazi dostupni iz biorepozitorija. Značaj i doprinos rada ogleda se u utvrđivanju novih dijagnostičkih gena, promociji upotrebe standardiziranog okvira za klasifikaciju gena u kliničko-genetičkom okruženju, kao i isticanje doprinosa i značaja velikih genetičkih baza podataka u procesu klasifikacije gena.
Ključne riječi:klasifikacija gena, klinička validnost, dijagnostički geni, biorepozitorij, ClinGen smjernice
