UNIVERZITET U TUZLI
PRIRODNO-MATEMATIČKI FAKULTET
Tuzla, 13.10.2022. godina
Na osnovu člana 18. Pravilnika o završnom magistarskom radu na II ciklusu studija Univerziteta u Tuzli, Sekretarijat Univerziteta
O B J A V L J U J E
Naida Mulahuseinović, bakalureat inženjerske genetike javno će braniti završni magistarski rad, pod naslovom: „Implementacija poluprovodničke metode sekvenciranja sljedeće generacije u svrhu sekvenciranja SARS-CoV-2 virusa“, u ponedjeljak 24.10.2022. godine u Sali broj: 211 Prirodno-matematičkog fakulteta Univerziteta u Tuzli, sa početkom u 12 sati i 30 minuta pred Komisijom u sastavu:
- Dr sc. Suad Širanović, docent, predsjednik Komisije
Uža naučna oblast: Genetika, biologija ćelije i mikrobiologija
Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Tuzli - Dr sc. Vesna Hadžiavdić, vanredni profesor, mentor i član
Uža naučna oblast: Genetika, biologija ćelije i mikrobiologija
Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Tuzli - Dr sc. Aldijana Avdić, docent, član
Uža naučna oblast: Genetika, biologija ćelije i mikrobiologija
Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Tuzli
Zamjenski član dr.sci. Amela Hercegovac, vanredni profesor za užu naučnu oblast „Genetika, biologija ćelije i mikrobiologija“ Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Tuzli.
Pristup javnosti je slobodan.
Magistarski rad se može pogledati u Sekretarijatu Prirodno-matematičkog fakulteta Univerziteta u Tuzli, radnim danom od 8,00 do 16,00 sat
REZIME RADA
Svi virusni genomi, pa tako i SARS-CoV-2 virus vremenom mutira, te neke od ovih mutacija mogu uticati na svojstva virusa, kao što su lakoća širenja, težina kliničke slike pacijenta ili učinak vakcine, terapeutskih lijekova, dijagnostičkih alata ili drugih mjera javnog zdravlja i socijalne zaštite. Zbog svega navedenog, imperativ je vršiti kontinuirano sekvenciranje ovog patogena. Za potrebe ovog istraživanja, odabrana je poluprovodnička metoda sekvenciranja sljedeće generacije, koja je utemeljena u instrumentalnom sistemu koji detektuje oslobađanje vodikovih iona, koji su nusproizvod inkorporacije nukleotida, kao kvantitativne promjene pH vrijednosti pomoću silicijumskog detektora.
U ovom istraživanju prikupljen je ukupno 91 uzorak nazofaringealnog i orofaringealnog brisa od pacijenata iz bosansko-hercegovačke humane populacije sa kliničkom dijagnozom na COVID-19. Osnovni ciljevi ovog istraživanja su optimizacija protokola kod metode poluprovodničkog sekvenciranja sljedeće generacije, kako bi se dobile što kvalitetnije genomske sekvence SARS-CoV-2 virusa, poređenje dobijenih sekvenci sa referentnom Wuhan-Hu-1 sekvencom i dobijanje visokokvalitetnog genomskog poravnanja kako bi se rekonstruisalo odgovarajuće filogenetsko stablo.
Nakon ekstrakcije RNK, detekcije SARS-CoV-2 virusa, reverzne transkripcije RNK u cDNK, pripreme i prečišćavanja biblioteka, 34 pripremljene biblioteke su imale koncentraciju nižu od 80 pM i nisu ušla u dalju obradu. Od preostalih 57 uzoraka koji su sekvencirani, 10 uzoraka nije imalo dovoljnu pokrivenost (tj. pokrivenost za 20X je bila niža od 0.90), tako da se u konačnici dobilo 47 sekvenci koje su ušle u dalju obradu podataka. Optimizacijom protokola u koraku annealing faze amplifikacije ciljne DNK, zaključeno je da se nakon 37 ciklusa dobijaju najviše koncentracije biblioteka.
Pomoću BLAST alata zaključeno je da postoji visoka vrijednost bit score-a, što znači da je statistička značajnost poravnanja jako visoka. Pomoću Nextstrain softvera utvrđeno je da je 47 dobijenih sekvenci razvrstano u 8 klada prema Nextstrain nomenklaturi: 20A, 20D, 20I, 20H, 20J, 21J, 21K i 21L, 20 linija prema Pango nomeklaturi: B.1, B.1.258, C.35, B.1.146, B.1.36, B.1.258.17, B.1.1.7, B.1.351, AY.122, P.1, P.1.10, C.36.3, AY.43, B.1.617.2, AY.9.2, AY.45, AY.34, BA.1.1, BA.1.1.17.2 i BA.2 i 5 varijanti prema nomenklaturi Svjetske zdravstvene organizacije: Alpha, Beta, Delta, Gamma i Omicron.
Kod obrađenih 47 uzoraka postoji izdvajanje 7 monofiletskih grupa na konstruisanom filogenetskom stablu od kojih jedan uzorak spada u istu monofiletsku grupu kao i Wuhan-Hu-1 referentna sekvenca.
Ključne riječi: SARS-CoV-2, poluprovodnička metoda sekvenciranja, sekvenciranje sljedeće generacije, NGS, linije, klade, varijante